Para muitas pessoas, Water Seven foi o melhor arco de One Piece, no anime e no Mangá, algo que se explica bem. Water Seven foi um arco onde a trama ganhou um ar mais épico, com personagens mostrando ter adquirido uma elevação em seu grau de maturidade, e além disso, teve lutas épicas, com confrontos memoráveis, contra a poderosa CP9.

O arco começa com uma divergência. Após a ida para Skypea, o Going Merry havia sofrido muitos danos, e precisava de consertos, ou até mesmo ser descartado. Usopp, atirador dos Mugiwaras, também era o responsável por fazer a manutenção do Merry, e preferia o consertar. Já o capitão Monkey D. Luffy, dava preferência por uma troca de embarcação, com a compra de um novo navio. Os dois entram em atrito forte. Em busca de um carpinteiro, eles desembarcam em Water Seven, onde Usopp tem o dinheiro dos Mugiwaras roubado. Ele entra em uma briga com Luffy, onde acaba derrotado, e deixando o navio.

Usopp havia perdido o dinheiro para o Bando de Tom, um famoso carpinteiro, mestre do simpático Ciborgue Franky. O que começa com um roubo vira uma amizade, e Franky futuramente vira o carpinteiro dos Mugiwaras. O grande problema, é que Nico Robin, acaba sendo sequestrada pela CP9, sob ordens da Marinha, por ser a última descendente do povo de Ohara, o único capaz de ler os Poneglyphs, pedaços de pedra com inscrições que ajudam a contar um pedaço perdido da história do Mundo de One Piece, o famoso "Século perdido".

Tom, que havia sido o carpinteiro de Gol D. Roger, também é sequestrado, pois conhecia a planta para construção do Navio de Pluton, uma das três Armas Ancestrais. A planta havia sido escondida por Franky, que parte junto com os Mugiwaras para resgatar Robin e Tom, presos em Ennies Loby. Usopp, adota o disfarce de Sogeking, e parte com o restante do grupo. O disfarce foi muito mais por conta da sua vergonha pós deixar o grupo, já que todos o reconheceram, menos Chopper e Luffy, os mais inocentes.

Graças a Kokoro-san e a Família Franky, os Chapéus de Palha entram na Ilha Judiciária Ennes Looby, onde Luffy manda Sogeking atirar fogo na Bandeira, e declara guerra contra a Marinha.

A partir daí, a vida dos Mugiwaras muda. Nico Robbin grita por socorro, e Luffy e seus amigos não pensam duas vezes antes de entrar em luta contra a CP9. A batalha na Ilha Judiciária de Enies Lobby, ficou muito marcada em One Piece, principalmente, por levar ao extremo o patamar dos Mugiwaras, e fazê-los evoluir em técnicas e poderes. Em busca de Robin, Luffy é interceptado por Blueno no topo do Tribunal, e os dois dão início ao que se torna uma luta ferrenha. Luffy então apresenta sua nova técnica, onde faz de suas pernas bombas, para aumentar o fluxo de sangue. Uma grande quantidade de vapor começa a sair de Luffy, e o Gear Second é ativado. O Mugiwara acerta Blueno com seu Gomu Gomu no Jet Pistol, e vai desferindo golpes. Blueno tenta fugir, mas é batido pelo Gomu Gomu no Jet Bazooka. .

Os outros Mugiwaras, também entram em lutas ferrenhas. Franky enfrenta o "Zíper" Fykodori, e com uma ajudinha de Copper, que lhe consegue algo de cola, vence. Chopper consegue salvar Nami, que estava presa pelo cabelo de Kumadori, e em sua forma monstro, sai de controle, mas consegue vencer. Já Sanji não conseguiu vencer Kalifa, por conta de seu código de honra que lhe faz não agredir mulheres. Nami decide assumir seu lugar na luta contra a assassina. A navegadora encontra no quarto dela, uma grande quantidade de espuma no chão, e caí na armadilha de bolhas da agente da CP9. Nami não consegue atacar Kalifa, que desvia usando o Soru, mas acaba ficando de baixo de uma nuvem carregada feita pela pirata, que usa seu Thunderbolt Tempo para atingir a agente, que acaba se defendendo, usando um sabonete gigante criado por sua Akuma no Mi, a fruta de Paramecia do Sabão. Chopper até intervém em seu modo monstro, mas é o Bastão de Nami que a ajuda a criar miragens e atacar a rival, conseguindo a vitória.

Sanji chega a tempo de salvar Usopp das garras de Jabra, o "Lobo". A luta entre eles é boa, mas os chutes de Sanji, lhe dão a vitória. Zoro e sua habilidade com as espadas vencem Kaku, a "Girafa". Mas é a luta de Monkey D. Luffy, contra Rob Lucci, o "Leopardo", que é a mais épica. Lucci foi um dos personagens que melhor encarou Luffy, que precisou usar muito da sua vontade de vencer, e do protagonismo, para superar o rival, conseguindo salvar Robin. Chopper volta ao normal, e tudo fica relativamente bem.

A Marinha ativa o Buster Call, um ataque pesado, para destruir Ennes Looby. O Merry aparece para salvar os Mugiwaras, que conseguem escapar da base com a ajuda do Velho amigo, mesmo enfrentando um Buster Call. Após a fuga, o Merry ganha o seu descanso, com os Mugiwaras lhe entregando um ritual Viking. Franky apresenta para a galera, o Thousand Sunny, o navio que ele construiu, e que será a base para as próximas viagens, que também vão trazer novos desafios, agora com mais um integrante no bando, o 8º.